岳耀敬 2024-10-22 10:38:57

    使用GCTA软件（V1.92.4）进行主成分分析（PCA），获得各个主成分（PC）的方差解释率及样本在各个PC中的得分矩阵，从SNP信息中提取的关键信息按照效应从大到小分为 PC1、PC2、PC3……。

岳耀敬 2024-10-22 10:38:29

    选取274只（30只种公羊和234只后代个体）系谱未知的藏羊血液进行亲缘关系分析的基因分型。基因分型使用我们构建的绵羊1K液相芯片；参考基因组为NCBI发布的Oar V4.0版本（GCF 000298735.2），使用PLINK软件对对所有SNP位点进行过滤。经过质控筛选后，共获得了1393个SNP位点，同时274个样本均符合质控标准。

岳耀敬 2024-10-22 10:38:12

    选取合作社11只系谱准确的欧拉放牧藏羊对我们构建芯片的准确性进行验证，将血液中提取的DNA，用1K芯片进行测序。之后，将绵羊参考基因组Oar V4.0版本（GCF 000298735.2）的Y染色体作为新的参考基因组进行分型。

岳耀敬 2024-10-22 10:37:31

    芯片构建：品种特异性和动物QTL数据库相关区域的位点选择。选择藏羊Y染色体雄性特异区域的26个SNP位点，并将这些位点添加到芯片位点数据集中。

岳耀敬 2024-10-22 10:26:44

    候选SNP标记的收集：使用PLINK软件进行SNP初步筛选，并严格遵守基因频率（MAF）≥0.2、缺失率≤0.1、杂合率≤0.2以及平均测序深度≥10的筛选标准，以确保所有候选位点均达到高质量阈值。随后，利用Haploview V4.2软件进行精细的连锁不平衡分析，设定目标区域大于122K探针的筛选条件确保每个100 bp 窗口内SNP密度充足。随后，将相邻SNP间的物理距离设定为40 kb，确保参考基因组上的均匀覆盖，最终保留了1543个高质量目标区域，并且在11只系谱系谱正确的样本上进行了严格的测试流程，包括文库构建、杂交捕获、高通量测序及严格的质量控制。